Un blog sobre apuntes de Química principalmente y otros intereses que se pueden tener como universitario que estudia quimica en Santiago de Compostela. Se empezó este blog para dar respuestas a la gente a la hora de enfrentar la licenciatura. Con el sistema de grado puede que el contenido no se estructure de la misma forma
martes, 17 de mayo de 2011
Concepto de replicación
De cada división celular se deben generar nuevas copias de cada una de las miles de moléculas que conforman las células, incluyendo la duplicación de todas las moléculas de ADN.
La replicación es el proceso de reproducción fiel de una copia molde de ADN. Este proceso hace posible que la información genética de un organismo pueda ser pasado a sus células hijas cuando haya división celular.
Al emplear ADN como molde, la secuendia de nucleótidos se copia por apareamiento de bases, de tal forma que se produce una secuencia de ácidos nucleicos complementarios al molde de ADN.
El reconocimiento de cada nucleótido del ADN por un nucleótido complementario no polimerizado, requiere que las dos cadenas de la hélice de ADN se encuentren separadas para que los grupos dadores y aceptores de electrones se los enlaces de hidrógeno queden libres y permitan posteriormente una alineación de forma adecuada y ordenada.Luego, gracias a la acción de la ADN polimerasa se forma una nueva cadena de ácidos nucleicos.
Durante la replicación de ADN, cada cadena del ADN antiguo, actúa como molde de la formación de una nueva cadena completa.Como cada una de las cadenas hijas hereda una cadena de ADN y una cadena recién sintetizada se dice que el ADN se replica de manera semiconservativa.
Para la correción de lectura, es necesaria la acción de la ADN polimerasa que actúa solo si presenta un extremo 3'-OH de la cadena cebadora o iniciadora sobre la cual se añaden los siguientes nucleótidos.Las moléculas de la ADN polimerasa son capaces de trabajar con cadenas defectuosas de ADN mediante el empleo de un dominio catalítico que corta cualquier residuo desapareado del final de la cadena iniciadora.
Existe una región concreta de replicación que se desplaza a lo largo de la doble hélice del ADN, en forma de Y, que se conoce como horquilla de replicación, sonde se sintetiza el ADN de las dos hélices hijas mediante un complejo enzimático que contiene ADN polimerasa. La horquilla de replicación tiene una estructura asimétrica . Se produce una cadena hija de ADN de forma continua ( cadena leading o conductora) , que se elabora antes que la cadena hija discontinua ( hiebra lagging o retardada) , la cual aparece más lentamente, porque debe esperar a que la cadena conductora exponga la cadena molde sobre la que se sintetizará cada uno de los denominados "fragmentos de Okazaki". Para la replicación de ADN sólo se necesita la ADN polimerasa en dirección 5'-3'. Para el caso de la cadena conductora sólo es necesario un iniciador especial al comienzo de la replicación cuando se ha establecido la horquilla de replicación. La ADN polimerasa del extemo retardado de la horquilla completa un corto fragmento de de ADN tras lo cual empieza a sintetizar otro fragmento nuevo en un punto situado más adelante de la cadena molde.Para que actúe la ADN polimerasa es necesario la presencia de una enzima regeneradora de cadenas iniciadoras o cebadoras de ARN o ARN primasas.En las células eucariotas son sinterizados a intervalos sobre la cadena retardada para luego se alargados mediante la ADN polimerasa .La sintesis de cada fragmento de Okazaki finaliza cuando la ADN polimerasa se encuentra con el ARN iniciador unido al extremo 5' del fragmento anterior. Los fragmentos de Okazaki sólo se sintetizan en dirección 5'-3'.Después de sus síntesis los fragmentos se unen entre sí, generando grandes cadenas de ADN. Mediante la enzima ligasa, se suelda un enlace fosfodiester roto, gracias a la activación de un extremo 5' en presencia de una molécula de ATP, antes de formarse un nuevo enlace.
aqui también teneis información muy bien estructurada y con varios gráficos :
http://e-ciencia.com/recursos/enciclopedia/Replicaci%C3%B3n
lunes, 9 de mayo de 2011
Replicación en procariotas 1 DNA polimerasa
http://www.medmol.es/glosario/65/
Me pareció que está muy bien redactada y clara y que tiene una muy buena animación.
La ADN polimerasa es la principal enzima de la replicación. Partiendo de una cadena inicial o “primer” la ADN polimerasa añade nucleótidos complementarios a la cadena molde extendiendo la nueva cadena de ADN en dirección 5’- 3’.
La ADN polimerasa es la enzima principal en el proceso de replicación. Partiendo de una cadena inicial o “primer” la ADN polimerasa es capaz de añadir nucleótidos complementarios a la cadena molde estableciendo enlaces fosfodiéster. La ADN polimerasa sólo puede catalizar el crecimiento de la cadena inicial en dirección 5'-3'. La ADN polimerasa también se encarga de la reparación del ADN asociada a la replicación.
Hay 5 ADN polimerasas diferentes bien caracterizadas, diferenciándose en su localización, actividad y sensibilidad a los inhibidores: alfa, beta, gamma, delta y épsilon:
• Las ADN polimerasas delta y epsilon dirigen la replicación de la cadena conductora o “leading strand” que es la cadena que crece de 5' a 3' en mismo sentido que crece la nueva copia de ADN. La ADN polimerasa epsilon parece que también está involucrada en un tipo de reparación del ADN. Además, las ADN polimerasas gamma, delta y epsilon tienen actividad exonucleasa 3'-5' y, por tanto, son capaces de eliminar los nucleótidos del extremo 3' que han sido incorporados incorrectamente en un proceso conocido como corrección de pruebas.
• La ADN polimerasa alfa participa en el proceso de replicación del ADN dirigiendo la replicación de la cadena retardada o “lagging strand” que es la cadena que crece de 3' a 5' que es el sentido contrario al del crecimiento global de la nueva copia de ADN.
• La ADN polimerasa beta se encarga de los procesos de reparación del ADN.
• La ADN polimerasa gamma realiza la replicación del ADN mitocondrial.
viernes, 6 de mayo de 2011
Bidireccionalidad en la replicación del DNA
No obstante, la replicación se puede considerar, de forma general, bidireccional.
La evidencia experimental del crecimiento bidireccional de la hebra de ADN viene dada por una técnica basada en el marcaje radiactivo del ADN usando timidina marcada con tritio. Primero se añade timidina marcada y luego sin marcar, y siguiendo el rastro de tritio se observa hacia dónde se ha replicado la molécula de ADN.También se puede, mediante el recuento de copias de genes marcadores, determinar si la replicación es unidireccional o bidireccional.Exonucleasas : Las fosfodiesterasas o nucleasas son enzimas hidrolasas que catalizan la ruptura de los enlaces fosfodiéster, como por ejemplo los que se establecen en los ácidos nucleicos entre la pentosa de un nucleótido y el grupo fosfato de otro. Su acción regula la concentración dentro de las células del AMP cíclico y del GMP cíclico.
- La helicasa rompe los puentes de hidrógeno de la doble hélice permitiendo el avance de la horquilla de replicación.
- La topoisomerasa impide que el ADN se enrede debido al superenrollamiento producido por la separación de la doble hélice.
- Las proteínas SSB se unen la hebra discontínua de ADN, impidiendo que ésta se una consigo misma.
- La ADN polimerasa sintetiza la cadena complementaria de forma continua en la hebra adelantada y de forma discontínua en la hebra rezagada.
- La ARN primasa sintetiza el cebador de ARN necesario para la síntesis de la cadena complementaria a la cadena rezagada.
Replicación DNA
según la wikipedia :
El proceso de replicación de ADN es el mecanismo que permite al ADN duplicarse (es decir, sintetizar una copia idéntica). De esta manera de una molécula de ADN única, se obtienen dos o más "clones" de la primera. Esta duplicación del material genético se produce de acuerdo con un mecanismo semiconservador, lo que indica que las dos cadenas complementarias del ADN original, al separarse, sirven de molde cada una para la síntesis de una nueva cadena complementaria de la cadena molde, de forma que cada nueva doble hélice contiene una de las cadenas del ADN original. Gracias a la complementariedad entre las bases que forman la secuencia de cada una de las cadenas, el ADN tiene la importante propiedad de reproducirse idénticamente, lo que permite que la información genética se transmita de una célula madre a las células hijas y es la base de la herencia del material genético.
La molécula de ADN se abre como una cremallera por ruptura de los puentes de hidrógeno entre las bases complementarias liberándose dos hebras y la ADN polimerasa sintetiza la mitad complementaria añadiendo nucleótidos que se encuentran dispersos en el núcleo. De esta forma, cada nueva molécula es idéntica a la molécula de ADN inicial.
La replicación empieza en puntos determinados: los orígenes de replicación. Las proteínas iniciadoras reconocen secuencias de nucleótidos específicas en esos puntos y facilitan la fijación de otras proteínas que permitirán la separación de las dos hebras de ADN formándose una horquilla de replicación.Aqui hay un video sobre la replicación del DNA (está en inglés)
http://www.youtube.com/watch?v=teV62zrm2P0
el mismo video en español
http://www.youtube.com/watch?v=-EGKrYdQEHQ&feature=related
Aqui un video muy bueno en inglés con subtítulos en español:
http://www.youtube.com/watch?v=z5ijobRQpOY&feature=related
jueves, 5 de mayo de 2011
El experimento de Meselson-Stahl
Para investigar la forma de replicación del ADN, Meselsohn y Stahl idearon una forma muy ingeniosa que se basa en dos premisas fundamentales, por una parte está el hecho de que el nitrógeno es uno de los principales elementos del ADN, y por la otra el nitrógeno posee dos isótopos que pueden ser distinguidos mediante técnicas de laboratorio.
Aunque el 14N es el isótopo más abundante del nitrógeno, el ADN es también viable con el isótopo 15N el cual es más pesado. El isótopo 15N no es radioactivo, solo es más pesado que el nitrógeno común.
De esta forma Meselsohn y Stahl mediante un inteligente planteo del experimento, en el que utilizaron bacterias y observaron cómo replicaban su ADN, pudieron obtener información que les permitió identificar el mecanismo de replicación del ADN y descartar ciertas teorías alternativas.
Desarrollo del experimento:
Se realizó un cultivo de E. coli durante varias generaciones en un medio con 15N. Al extraer ADN de estas células y centrifugarlo en un gradiente de cloruro de cesio, las moléculas de ADN se situaban en el punto donde su densidad igualaba la del medio.
El ADN de estas células tenía una mayor densidad que el de otras cultivadas con 14N. Posteriormente, las células de E. coli que sólo contenían 15N en su ADN se colocaron en un medio con 14N y se les permitió que se replicaran una sola vez. Se extrajo el ADN de estas células y se comparó con el preparado con 14N y con el preparado con 15N, encontrando que su densidad era prácticamente el promedio.
Una replicación conservadora hubiera producido iguales cantidades de ADN de mayor y menor densidad (pero sin producir ADN de una densidad intermedia), se descartó que la replicación siguiera el mecanismo conservador. Sin embargo, este resultado era consistente tanto con una replicación semiconservadora como con una de tipo dispersante.
Una replicación semiconservadora hubiera dado por resultado una doble hélice de ADN donde un filamento tiene 15N mientras que el otro filamento tiene 14N,
Una replicación dispersante hubiera dado por resultado una doble hélice de ADN con ambos filamentos conteniendo mezclas de 15N y 14N; en ambos casos la densidad del ADN tendría un valor promedio entre las densidades de los ADN de 15N y 14N.
Se extrajo ADN de células que habían crecido por varias generaciones en un medio con 15N, y a las que se les había permitido que realizaran dos replicaciones en un medio con 14N. Al analizar estas células se encontró que contenían cantidades iguales de ADN con dos densidades distintas, una igual a la obtenida tras una sola replicación en un medio con 14N, mientras que la otra correspondía al ADN producido exclusivamente con 14N.
Este resultado era claramente inconsistente con una replicación dispersante, que hubiera dado como producto ADN con una densidad única e inferior a la de una sola generación, pero mayor que la de 14N, ya que el ADN original con 15N se habría repartido de forma uniforme entre todos los filamentos de ADN. Este resultado era consistente con una replicación semiconservadora, en cuanto a que la mitad del ADN de segunda generación tiene un filamento original con 15N y otro con 14N, lo que da como resultado un ADN con una densidad intermedia, mientras que la otra mitad del ADN contiene en su totalidad 14N --un filamento sintetizado en la primera división y otro en la segunda división. Este descubrimiento fue sumamente importante en el desarrollo de la biología y es de gran ayuda en la investigación.